Namun, sejumlah masalah masih muncul menjelang kedatangan Jokowi ke Kudus. Di antaranya pembayaran ganti rugi lahan milik warga yang hingga kini masih belum tuntas. Sejumlah warga menolak pembayaran ganti rugi yang dilakukan pemkab melaluii konsinyasi. Konsinyasi adalah langkah hukum yang ditempuh pemkab, yakni menitipkan uang ganti rugi melalui pengadilan. Harga ganti rugi tanah melalui konsinyasi, dianggap tak sesuai dengan nilai lahan yang dimiliki warga.
Tak hanya itu, sejumlah aktivis di Kudus juga mengancam akan melakukan penolakan terhadap kedatangan presiden. Tak hanya warga terkena proyek Waduk Logung yang akan melakukan protes, namun juga sejumlah aktivis yang menyoroti polemik KPK dengan Polri. Para aktivis akan menuntut Presiden Jokowi untuk segera menyelesaikan sengkarut dua institusi hukum tersebut.